A、隔离是指不同种群之间不能进行基因交流的现象,A正确; B、生殖隔离是新物种形成的标志,不同物种之间必然存在生殖隔离,B正确; C、长期的地理隔离有可能导致生殖隔离进而产生新物种,C错误; D、种群基因库的差异是产生生殖隔离的根本原因,D正确. 故选:C.