A、并不是所有原子的原子核都是由质子和中子构成，例如氢没有中子，故A错；B、带电的粒子不一定就是离子，例如质子、电子等，故B错；C、氯化钠由氯离子和钠离子构成的，故C误；D、分子、原子都是不带电的粒子，但是不带电的粒子不一定是分子或原子，例如中子，故D对．故选：D．
