综合计算工时制的单位，如果在法定假日加班，加班的工时是否算在总工时内？

直接回答：这个时候安排加班，算是加班，不算在总加班时间之内的。

首先纠正你一个问题，劳社部发[2008]3号关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知规定的月计薪天数＝（365天-104天）÷12月＝21.75天，而且，这个时间的计算是把法定假日除去的（年工作日：365天-104天（休息日）-11天（法定节假日）＝250天）。基本上看这个就能明白。
建议你看一下《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知 》，再参考一下劳动法你就明白了。上网上一搜就能有。

《劳动法》第四章 第三十六条 规定的
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
也就是说，你可以在一个月内合理的工作时间最少是174个小时。
其次，提示一点：《劳动法》第四章 第四十条 规定
用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：
（一）元旦；
（二）春节；
（三）国际劳动节；
（四）国庆节；
（五）法律、法规规定的其他休假节日。
也就是说，这个时候安排加班，是算在加班时间之内的，而且，加班时间在第四十一条也有规定：
用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
只有少数几种情况除外，即：
第四十二条
有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：
（一）发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；
（二）生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；
（三）法律、行政法规规定的其他情形。

补充一点哈：实际上能真正按此规定执行的不多，公务员、国企等是可以的，但是一些外资和国内的私有企业，给你8小时的活，你完不成那就是你自己的事情，回家加班那是你的事情。所以。。。。呵呵，自己揣摩。

加班时间就是超过正常工作时间的劳动时间，所以不算在总工时内，其为加班时间