如果发生劳务纠纷，不是按劳动合同补偿，而是按实发工资补偿。因为实发工资是对合同约定的工资的变更，是合法有效的，只要劳动者提供工资条和银行卡的流水，证明实发工资，就应当按照实发工资计算补偿。
《劳动合同法》：
第三十五条 用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
第四十七条第三款 本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
肯定是按照合同约定进行赔偿。建议重新按照实际约定签订合同。
按照实际工资补偿，留好工资条，银行转账记录就行，这个没必要过分纠结，很多公司都是这样操作，
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