A、一个物种只有一种生物，一个生物不能是一个物种，因此一只狗就是一个物种不对，A错误．
B、一个生态系统中的生物包括动物、植物、微生物等，不可能都是同一个“种”，B错误．
C、马有野马和家马之分，家养马中还有多种品种的马，野马、家马、家马中的多个品种的马等都属于同一个物种，即：马种．C错误．
D、分类单位越大，所包含的生物种类越多，所含生物的共同特征就越少，分类单位越小，所包含的生物种类越少，所含生物的共同特征就越多．种是分类的基本单位，同种生物个体之间的共同特征是最多的，D正确．
故选：D
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