不一样，直接镜检计数，计数的是直接看到的细菌，无论死活都会被记录上。相比之下平板计数法只能计数活的且只能在所使用的琼脂平板上能生长的细菌。此外平板计数法计数的细菌咯而不是细菌的个数，假设两个相同的细菌相距很近，那么只能形成一个菌落。
