数学研究所在成立之初，确立了纯粹数学与应用数学协同发展的方针。 根据国家经济建设和学科发展的需要，数学研究所先后分支出若干独立的研究机构，数学所自身也几次调整学科布局。 改革开放以后，数学所以基础理论研究为主，兼顾应用数学、计算数学和计算机科学等其它方向。数学所在科学研究和人才培养方面取得了辉煌成绩。
