从描述来看，是可以在东莞处理的。
因为机动车违章大都是被电子监控收集了违法行为证据。根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》中的规定：“交通技术监控资料记录的违法行为可以由违法行为发生地、发现地或者机动车登记地的公安机关交通管理部门管辖。”所以结合描述来看，东莞车牌在揭阳市惠来县违章，说明机动车登记地是在东莞，违法行为发生地是在揭阳市惠来县，因此是可以在东莞机动车登记地处理的。
