你的双峰是连续出现还是只是出现在个别碱基的位置？如果是连续出现的话可能的原因有：序列中有poly结构，测序底物不纯，或是有复杂的二级结构，若只是单碱基的双峰的话很有可能是突变或者是PCR错配导致的
PCR产物会出现突变，质粒可能不是单克隆
