民国三十一年(1942年),南澳成立县政府,饶平县海山岛归南澳管辖,称第四区(后划归饶平县管辖)。民国三十四年(1945年)9月24日,日本投降,南澳复员。
1950年2月23日,南澳解放,6月1日,成立南澳县人民政府,10月1日起隶属广东省人民政府潮汕专员公署管辖。
1952年,成立粤东行政公署,南澳属其辖区。同年6月,撤销南澳县建制,改称为澄海县南澳特区(因国务院没有批准,没有对外公布)。翌年5月,南澳恢复县级建制,仍属粤东行政公署辖区。1956年11月16日,经国务院批准,撤粤东行政区,设汕头专区,南澳属汕头专区辖区。1958年11月,撤销南澳县级建制,其行政区域并人饶平县,称饶平县南澳人民公社(1959年3月20日,国务院行文批准执行)。翌年11月13日,恢复南澳县级建制,成立南澳县人民委员会。
1968年3月,成立南澳县革命委员会,隶属汕头地区革命委员会领导。1975年11月22日,南澳县仍隶属汕头地区革命委员会领导。1980年1月1日,汕头地区革命委员会改称汕头地区行政公署,南澳属其管辖。同年12月,恢复南澳县人民政府,属汕头地区行政公署管辖。
1983年12月22日,撤销汕头地区行政公署,设立汕头市,南澳县属汕头市管辖。