A、原子是由原子核与核外电子组成的，原子核由质子与中子组成，原子是可以再分的，故A错误；B、化学反应前后分子的数目可能变化，也可能不变，故B错误；C、水结成冰时，分子间的距离发生变化，但分子间仍存在距离，故C错误；D、分子、原子、离子都可以直接构成物质，故D正确；故选D．
