出入境管理局设在法务省内。在东京、大阪、名古屋、札幌等8个城市设立出入境管理局、4个支局和101个办事处。在国外由各驻外大使馆和领事馆主管出入境签证事务。在各入境口岸设有入境审查官，主管入境签证、证件的查验和居留期限、居留资格的认定工作。
