没有关系的，这里的档案应指企业为你建立的档案，比如你的考核材料，劳动合同，奖励等材料，包括你在不同单位间转换的资料等。档案仅在你退休时发挥作用，退休时会要求最后一个单位将你的档案交到社保中心以便核定缴费工令等使用。你说的那个档案其实是学生档案，与确定你的工作时间和缴费年限没有用处，它交到人才中心的好处就是享受国家干部待遇，同时该档案成为你的职业档案的吸收地。比如，你在第一个单位工作后，产生了一些档案，你可以主动将新的档案资料交到原始档案保管地，即人才中心，人才中心会给你一个回执证明你交了哪些档案。然后你又经过若干年，可以将新的档案，比如你获得市劳模的资料送到人才中心存进档案。当然了，无关紧要的档案也不必你亲自送去的，你只需要交用人单位保管就是，在离开这个单位时，在解除劳动关系时向用人单位索取档案就行。你交的社保与档案在何处没有因果关系。其原因就相当于有的人不是学校毕业，他没有档案，但他只要在企业上班，企业就应为他交保险，因此，档案建立是一个过程行为，但社保是一进单位就应办的。
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