上海市公安局浦东分局设置的部门有：指挥处、政治处、后勤保障处、纪委（监察室）、警务督察支队、治安支队、交警支队、消防支队、出入境管理办公室、刑侦支队、经侦支队、特警支队、法制办公室、网络安全保卫支队、看守所（治安拘留所）、外高桥保税区公安处、人口管理办公室等20个直属机构。
