我认为在076
柯南
vs
怪盗KID以后就发现了，以KID的头脑，简单的想一下就知道了，新一和兰是青梅竹马，新一又不见了，而兰的身边多了个十分聪明，并阻止了他盗窃的柯南，自然的就想到柯南就是新一。而且在剧场3世纪末的魔术师里的最后，KID已经说了，他假扮新一是为了报答，柯南救了他的鸽子。而在剧场3世纪末的魔术师之前，KID只登场了一次那就是076
柯南
vs
怪盗KID。虽然都说剧场版不是73老师创作的，但是我想他应该也参与了吧~
观看地址：http://www.52tian.net/html/movie/427/index.htm
就像楼上所说，在《世纪末的魔术师》里柯南救了怪盗基德的鸽子，怪盗基德伪装成百鸟警部协助毛利调查，发现了柯南就是新一，最后在柯南想要吐露真情时，假扮成新一出现，最后给柯南留下一个疑问“他到底为什么要救我”，也给看过这部剧场版的人留下了同样的疑问。
剧场版，当时基德被人从空中击落，假死后伪装成白鸟来到那里，在柯南打电话给笠博士的时候，正好在身边，就此发现了柯南的真实身份
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