A、上述过程是通过地理隔离形成新物种的过程，新物种形成的标志是生殖隔离，A错误．B、由于甲、已经属于不同的物种，乙甲、乙两个种群的基因库存在较大的差异，不能进行基因交流，B正确．C、甲、乙两个种群存在地理隔离，不能进行基因交流，两种群的基因频率不相同，C错误．D、甲、乙种群存在生殖隔离，两个种群基因库差异大，但不一定组成完全不同，D错误．故选：B．
