2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建为新的复旦大学。经过医大校友的抗争，2001年7月27日，原上海医大纯医学部分，即上医基础医学院，更名为复旦大学上海医学院。2011年，新的上海医学院成立。作为复旦大学党政的派出机构，上海医学院经学校授权，对复旦大学各医学院系的人才培养、科学研究、学科建设、对外交流、发展规划等行使相对独立的管理权限。有10个附属医院：复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院 、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院。
是的，复旦大学医学院就是上海医科大，就是那个室友投毒的，严格说并不能算复旦的，但是丢的却是复旦的脸，高考时一般是独立招生的，包括这两年千分考，复旦医学院的分数和复旦大学的分数并不是一样的
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