解：设甲乙两地距离为s,船在静水中的速度为x,水流速度为a,则顺水行船的速度为x+a,逆水行船的速度为x-a,根据题意3.6小时后距离A港108米时相遇,则有：
3.6×(x+a)=108 ……①
3.6×(x-a)=S-108 ……②
又因为甲乙掉头在离A港72米处相遇,此时甲乙两船的航行时间相等,则有：
s/(a+x)+(s-72)/(a-x)=s/(a-x)+72/(a+x)
整理可得：
(s-72)/(a+x)=72/(a-x)……③
将①、②式代入③式可得：
x=25（千米/小时）；
a=5（千米/小时）；
s=180千米。
因此A、B两港的距离为180千米。
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