这种环状结构可以进一步与另一戊二醛反应，生成丁间醇醛冷凝物(Aldol condensate)。这种化合物与氧分子共同作用，生成稳定的嘧啶类衍生物(Pyridine derivatives)，并在此过程中发生交联。
与甲醛不同，戊二醛的这一步反应是不可逆的，而且需要氧气的参与。由于大块的样品内部氧气供应不足，戊二醛在大块样品的内部无法形成稳定的生成物，会导致样品内部的固定效果不佳。因而在使用戊二醛固定时，小块的样品固定效果较为理想。戊二醛通过交联作用固定蛋白质的过程会伴随氢离子的释放，使样品pH值降低。为了维持pH值稳定在最佳水平，在戊二醛的固定剂中要加入足量的缓冲液。
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