A、隔离在物种形成中的根本作用是使种群间的基因不能进行自由交流，A正确；B、由于隔离的存在使种群间的雌、雄个体失去交配机会，这不是本质作用，B错误；C、地理隔离的介体可能相互认识，但由于地理隔离存在失去基因交流的机会，C错误；D、不同种群适应于不同的地理环境是地理隔离与自然选择共同作用的结果，不是隔离在物种形成中的根本作用，D错误．故选：A．
