解：∵Rt△BCD中，BC=4cm，BD=5cm，∴CD= BD2?BC2 = 52?42 =3cm，过D作DE⊥AB于E，∵BD是∠ABC的平分线，∠C=90°，DE⊥AB，∴DE=CD，∵CD=3cm，∴DE=3cm．故选C．
