部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
