A、艾弗里的肺炎双球菌转化实验的设计思路是：把S型细菌中的物质分开，单独观察它们的作用，就可以证明何种物质是“转化因子”；赫尔希、蔡斯的噬菌体侵染细菌实验，利用噬菌体侵染细菌时，只有DNA进入细菌，而蛋白质外壳留在外面，这样就可以把DNA与蛋白质分开，研究各自的效应，A正确；
B、噬菌体属于病毒，既不是真核生物，也不是原核生物，B错误；
C、只有噬菌体侵染细菌实验利用了放射性同位素标记法，C错误；
D、用32P标记的噬菌体侵染细菌时，因沉淀物中出现了放射性，而上清液中没有出现放射性，说明DNA进入细菌；用35S标记的噬菌体侵染细菌时，因沉淀物中没有出现放射性，而上清液中出现了放射性，说明蛋白质没有进入细菌，进而证明DNA是遗传物质，D错误．
故选：A．
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