A、氧气和臭氧都由氧原子组成，32gO2和48gO3的O原子的质量不同，数目不相同，故A错误；
B、CH3OH在燃料电池负极发生反应被氧化为CO2，化合价升高6价，1molCH3OH在燃料电池负极发生反应时转移的电子总数是6NA，故B错误；
C、MgO和Mg3N2中Mg元素的化合价相同，都为+2价，0.01molMg在空气中完全燃烧，生成MgO和Mg3N2，转移的电子数相同，都为0.02NA，故C正确；
D、CH3COO-易水解生成CH3COOH，100mL0.1mol?L-1CH3COONa溶液含CH3COO-的数目小于0.01NA，故D错误．
故选C．
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