有益和有害都是相对的。对于虾蟹养殖来说，可以作为饵料的就是有益的藻类，例如硅藻门的骨条藻、小环藻、直链藻，绿藻门的衣藻、四鞭藻、扁藻，蓝藻门的螺旋藻等。有些藻类会产生毒素，如蓝藻门的微囊藻和鱼腥藻、金藻门的棕囊藻、甲藻门的很多种类（斯氏藻、膝沟藻、旋沟藻、裸甲藻）都会产生肝毒素和贝毒素，这些对蟹的生长是有害的。此外，还有一些藻类具有长而硬的刺，如硅藻门的角毛藻，会伤害虾蟹的鳃，也是有害的。
值得注意的是，不管有益还是有害的藻，如果过量繁殖（形成赤潮或水华），都有可能在其死亡腐烂时，被细菌大量分解，导致蟹塘缺氧，利用增氧曝气机可以有效防止这一情况。
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