您好，作为善意的第三人起诉要求您腾退房屋应该会得到法律支持。您和车辆厂之间的纠纷，应当另案解决。车辆厂违反协议的行为属于违约，应当承担违约责任，对于由此给你造成损失，可以主张赔偿，包括但不限于顶层楼房和下面购房的差价。
