费用发票只牵扯到所得税的确认，我国目前对总、分公司的所得税缴纳是这样规定的：
总公司统计所有总、分公司的全部收支，计算所得税纳税总额，并依据一定的方案（如收入）分配到总、分公司，取得总公司主管税务机关确认以后，分别由总公司、各分公司向所在地税务局申报纳税。
因此，如果你取得的发票抬头是总公司的，可以拿到总公司入账，并通过内部往来科目转到你分公司名下计入费用，发票留在总公司即可。
我们这样操作了好几年了，分公司在几个省市，各地税务局都没有意见。
法定代表人是不是一人，不影响以上操作。
费用划拨到分公司账中
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