1、协办部门积极性不高,以各种理由搪塞不予配合,加之部分投资业主为了利益而不愿按并联审批程序报批，导致并联审批工作推进难。
2、服务意识不够强。个别部门不严格按照县人民政府《关于进一步建立和完善行政审批机制的意见》和《窗口工作人员选派轮换管理办法》规定选派窗口工作人员，个别单位不但将业务素质差不好管的工作人员或派临时人员派驻中心应差，且变动频繁，既给中心管理加大难度、又对提高办事效率和服务质量带来一定影响。
3、协调管理难度大。《省政务服务条例》明确县级以上地方人民政府政务服务管理机构代表本级人民政府协调、指导和监督本级政务服务部门的政务服务，对下级政务服务管理机构进行业务指导。显然是为职能部门建立的一个集中办公便民服务的平台，中心只履行监督、协调、管理的职能。且政务服务中心与各职能部门属于平级关系，这些职能部门恰恰是掌握大量公共权力的部门，日常工作很难协调。
4、基层便民服务有待加强。部分乡镇便民服务中心建设与运行不够规范，群众办事仍需跑不同的办公室，集中服务还有待加强。
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