本案中被告取得的40万元最初确实是合法形式掩盖非法目的的无效合同结果。
但是之后双方补充约定该40万元用于制作标书的抵扣款项，其实双方已经成立了承揽合同，如能提供相关证据材料证实双方真实有效的合同关系，可以有效抗辩对方提起的不当得利之诉。
同时，对方提起返还不当得利的诉讼，一般情况下举证责任应当由被告承担（尤其是你这个案件，因原告只需虚构自己失误打款至你账户），所以原告是否能绕开有无基础法律关系并不重要，重要的是你是否能够证实基础法律关系的存在。
诉讼时效问题，法院应当是认定了原告再2009年曾经对这40万元主张了实体权利，产生中断效果。
欢迎讨论，QQ5144854.
根据你的陈述，事情比较复杂，你可以带上相关的书面材料到律师事务所的我办公室当面详细咨询，共同探讨案情。
纵横法律网 曾金峰律师
事情比较复杂，你可以带上相关的书面材料到律师事务所当面详细咨询，共同探讨案情。
娜娜难啊
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024