A、原子晶体是原子间通过共价键结合形成的空间网状结构的晶体，所以原子晶体中只含有共价键，故A正确；B、含有离子键的化合物是离子化合物，离子晶体中可能含有共价键，如NaOH中含有共价键，故B错误；C、分子晶体中只存在分子间作用力，但分子内原子之间存在化学键，故C错误；D、金属晶体由阳离子和自由电子构成，不含有阴离子，故D错误．故选：A．
