A．离子化合物中一定含有离子键，可能含有共价键，共价化合物中只含共价键，一定不含离子键，故A正确；
B．当反应物的总能量高于生成物的总能量时，反应放热，此时反应过程中破坏旧的化学键所吸收的能量小于形成新的化学键所释放的能量，故B错误；
C．元素周期表中元素排序的依据是原子的核电荷数，不是根据相对原子质量排列的，故C错误
D．分子中不一定含有化学键，如稀有气体元素，稀有气体是单原子分子，所以稀有气体中只含分子间作用力而不含化学键，故D错误；
故选A．
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