说起来有点复杂，不过基本可以看作平行单位。
中央层面设置国家烟草专卖局（行政机构）和中国烟草总公司（央企）。由于中国烟草行业实行“政企合一”体制，因此实际两者是两块牌子，一套人马，合署办公。
在地方上也是原本也是如此，烟草公司负责卷烟生产以及销售，专卖局负责市场秩序维护，也是同一批人。但是02年以后，考虑省级烟草公司（专卖局）权利太大，难以节制，对全国品牌发展不利。因此拆分，另外成立工业公司，负责卷烟生产工作，烟草公司则继续负责销售，专卖职能不变。
三者都对国家烟草专卖局（总公司）负责。
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