新城区医院以规范化、科学化管理为指导，一期开放临床科室有普内科、普外科、肛肠科、骨科、泌尿外科、肿瘤外科、耳鼻喉科、血液肿瘤内科、神经内科、神经康复科、重症医学科、急诊科等12个科室，并设有相应门诊。医技科室有检验科、病理科、血库、医学影像科、心电图、彩超室等6个科室。其中普外科、影像科为市重点科室。
