目前的乙肝疫苗均是基因重组的，主要有两种基因工程疫苗--重组酵母乙肝疫苗和重组CHO乙肝疫苗。
乙肝基因工程疫苗是将编码乙肝病毒表面抗原（HBsAg）的基因插入适当载体，重组到酿酒酵母或CHO（中国仓鼠卵巢细胞）细胞内，表达出HBsAg经纯化和添加佐剂制备出的疫苗。 换句话说就是使用酵母制备乙肝疫苗。
基因工程乙肝疫苗是采用基因工程技术生产的，即构建含有乙肝表面抗原基因的重组质粒，然后转染相应的宿主细胞，如酵母、CHO细胞，生产乙肝表面抗原蛋白。利用重组酵母生产的叫重组酵母乙肝疫苗，利用CHO细胞生产的叫重组CHO乙肝疫苗
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