社会医疗保险报销是在出院或者转院之后报销。
住院及特殊病种门诊治疗的结算程序：
定点医疗机构于每月10日前，将上月出院患者的费用结算单、住院结算单及有关资料报医疗保险经办机构，医疗保险经办机构审核后，作为每月预拨及年终决算的依据；
医疗保险经办机构每月预拨上月的住院及特殊病种门诊治疗的统筹费用；
经认定患有特殊疾病的参保人员应到劳动保障部门指定的一家定点医疗机构就医购药，发生的医药费用直接记帐，即时结算。
急诊结算程序：参保人员因急诊抢救到市内非定点的医疗机构及异地医疗机构住院治疗，发生的医疗费用，先由个人或单位垫付，急诊抢救终结后，凭医院急诊病历、检查、化验报告单、发票、详细的医疗收费清单等到医疗保险经办机构按规定办理报销手续。
如果没有经过深圳三级医院开的转诊证明，是自行过去的，那报销比例就会下降，中山医院应该是深圳这保局在市外的定点医院，报销比例为81%，如果不是定点医院，报销比例就为63%，起付线都为1000元，另外如果是定点医院，可以在当地医院办理结算手续，不用拿回深圳社保局报销，如果不是定点医院，就得先行支付，然后把资料拿回深圳社保局申请报销。
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