按照元朝的官制，阿合马所在的尚书省与前代有所不同，它不是总理政务的机构，而是继中书左右部、制国用使司之后，忽必烈设立的又一个管理财赋的专门机构。尚书省不设令和丞相，只设平章政事，阿合马平章尚书省事之后，一直把持朝中的财政大权。
