A、体细胞中基因和染色体都是成对存在的，生殖细胞中是成单存在的，A正确；B、体细胞中成对存在的基因和染色体都是一条来自父方，一个来自母方，B正确；C、等位基因位于同源染色体上，同源染色体分离的同时，等位基因都随之分离，C正确；D、在杂合体体细胞内，等位基因位于同源染色体上，独立存在，分离互不影响，D错误．故选：D．
