海事局是属于交通部门。海事是交通的二级部门。最高机关是原交通部下设中国海事局海关是一国管理关境和关税的行政部门。是属于一级的政府部门。最高机关是国务院下属的海关总署。说到权力由于部门不同不好比较，只能量化来说。海关的权力比海事的多。两者没有直接的关系。一个是交通系统，一个是海关系统。
职务不一样，没法比较。
