法院判决依据是法律,纪委处理依据是党纪,党纪严于国法;不违法的不代表不违纪。就像现在党员干部婚丧嫁娶收取的礼金不违法,但是纪律不允许。你在纪委退还的受贿款当时应该是认可的,在法院判决过程中可能有的事实不清,未予认定,但纪委认定了。如果你向要回差额,可以向纪委申述。
找纪委要求退还合法收入。