A、自然选择过程中，直接选择的是表现型，进而导致基因频率的改变，A错误；B、同一物种不同种群基因频率的改变导致种群基因库的差别越来越大，进而产生进化，B错误；C、地理隔离能使种群基因库产生差别，产生进化，但不一定导致生殖隔离，C错误；D、种群基因频率的改变是产生生殖隔离的前提条件，D正确．故选：D．
