①相等的角不一定是对顶角,原命题错误,是假命题;②同角的余角相等,正确,是真命题;③若|a|=|b|,则a=±b,原命题,错误,是假命题;④两直线平行,内错角相等,原命题错误,是假命题,真命题有一个,故选B.